Wg mnie - mission impossible. Ale da się zrobić mały programik który będzie taką ikonkę tworzyć. Z tym że w takim przypadku, cała resztę instalacji tez się da wepchnąć do takiego programiku 
Edit 1:
Trochę pomyślałem i …
… chyba to nie jest całkiem beznadziejne zadanie.
Tworzysz w folderze c:\windows\ plik o nazwie run_prog.bat
Tworzysz skrót do tego pliku o nazwie program.lnk (*.lnk - domyslne rozszerzenie)
c:\windows\run_prog.bat możesz usunac.
Plik program.lnk dołączasz do instalacji
Po wgraniu plików kopiujesz program.lnk na pulpit
copy %sciezka%\program.lnk %userprofile%\Desktop\program.lnk
lub
copy %sciezka%\program.lnk %allusersprofile%\Desktop\program.lnk
druga wersja jest dla wszystkich użytkowników
i na koniec tworzysz plik run_prog.bat który odpali twój program:
echo @start %sciezka%\program.exe>%windir%\run_prog.bat
Ale z tym będzie dużo kłopotów. Windowsy się mieszczą w różnych folderach c:\win;c:\windows;c:\winNT więc trzeba będzie zrobić kilka wersji pliku program.lnk dla każdej z możliwych ścieżek. Podczas instalacji trzeba będzie zbadać gdzie się znajdują te windowsy, i skopiować tylko odpowiedni plik. No i folder desktop czasami sie nazywa pulpit a czasami jeszcze jakoś w zależności od wersji językowej windowsów, i nie znam metody z poziomu cmd aby się dowiedzieć jak ten folder sie nazywa w tym systemie.
Podsumowując: właściwie się da, ale to będzie takie nieeleganckie i kulawe, że lepiej tego nie popełniać. :lol:
Edit 2:
Heh, nawet nie wiedziałem że coś takiego istnieje 
komenda shortcut
domyślnie nie jest zainstalowana zaś jest na krążku z windows’ami
Polecam też pełna dokumentacje na komendy z wiersza poleceń.