Tutaj tez sa problemy
Ale żeś namieszał… Odłączasz HDD i instalujesz system na SSD - po to by pliki rozruchowe nie poleciały na HDD właśnie. Po tym jak już system Ci wstanie z SSD wyłączasz komputer i podpinasz HDD. Po uruchomieniu komputera wchodzisz do BIOS i zmieniasz kolejność bootowania na SSD jako dysk nr 1. Wchodzisz do Windowsa i kasujesz wszystkie niepotrzebne partycje z HDD.
Coś na partycji się rozleciało prawdopodobnie. Skopiuj to co potrzebujesz i sformatuj w całości.