Jasne , że może. Większość programów do przygotowywania bootowalnego pendrive działa podobnie. Ja osobiście używam Yumi więc i ten program polecam - ale inne robią dokładnie to samo.
Nie wiem tylko czy unetbootin ma predefiniowane ustawienia dla instalki windowsa (odpowiednie wpisy w pliku .lst czy .cfg ) - yumi ma na pewno.
Jak poprawnie przygotujesz bootowalny pendrvie to później wystarczy uruchomić komputer, następnie wybrać na liście bootowania aby komputer uruchomił się z tego nośnika i można przystąpić do instalacji /reinstalacji systemu.