Z opisu wynika że pierwszy dysk to ATA i podpięty do kanału IDE - jaki to dysk systemowy czy dodatkowy - jak systemowy to ustaw zworkę na Master i podepnij na ostatniej wtyczce taśmy na I kanale IDE.
Drugi z opisu to dysk SATA podpięty do kanału sata(0,1,inny) - na tych dyskach nie wykonuje się konfiguracji master/slave dyski pracują na osobnych taśmach i kanałach sata i są cały czas Master.
Sprawdż w instrukcji płyty jak podpinać taki dysk do którego kanału sata.
Jeśli to dysk systemowy ustaw bootowanie w biosie z tego dysku sata/scsi.