Problem się rozwiązał. Był chyba jakiś bug w samym biosie. Zmiana ahci na coś innego uruchamiało normalnie system (z kolei Batocera nie widziała kernela w grubie). Bios faktycznie nie widział jakichkolwiek HDD/SSD i chyba nie rozpoznawał ID CPU, ale aczkolwiek normalnie działało poza tym lagiem.
Po aktualizacji BIOS z F4 na F8 normalnie się bootuje na ahci i widzi już HDD/SSD i ID CPU.
A w changelogach nie ma żadnej informacji o łataniu jakiś bugów, a jedynie poprawienie kompatybilności z RAM, dodanie wsparcie dla cpu 3 generacji (ten jest drugiej) i dodanie wsparcia dla jakiegoś tam LAN.
W przyszłości całość wymienię na ryzen 5 3600/5500 i DDR4 32GB, narazie niech służy obecny zestaw.