Przenośny windows 10 albo Linux na pendrive

Nie. Z pierwszego (Linux w wersji live) instalujesz system na drugim.

Mogę sobie też partycję ustawić przez Gparted czy coś tam podobnego.
PS: Czy linux będzie widział też partycję z danymi?

Jak mam dwie partycję, to Windows 10 może nadal mi pliki usunąć?