System będzie działał, ale jeśli jest to wersja OEM, to można ją zainstalować tylko raz na konkretnym komputerze. Druga kopia może być potraktowana jako piracka.
Jak będziesz miał 2 dyski (najlepiej jednakowej wielkości) to postaw sobie RAID 0 - będzie widziany jako jeden dysk więc dzielisz sobie na partycje jak chcesz, a przy tym nawet 2x szybsza wydajność ;). Chyba że bardzo zależy ci na bezpieczeństwie danych to weź sobie jakiś wyższy RAID np. 1 lub 1+0 - zależy jaką masz jeszcze płytę główną - no i do tego wszystkiego musisz najpierw zrobić format dysku…