Cześć,
Potrzebuje przesłać pliki z serwera na serwer git hub (do repozytorium) i mam mały problem odnośnie skopiowania z katalogu do katalogu (chyba o to chodzi)
Może dla ułatwienia co chce zrobić wstawie kroki jakie musze wykonać
mam problem z podpunktem drugim
Wydaje mi się że masz problem nie tylko z punktem drugim, szczerze nie za bardzo po tym listingu potrafię zrozumieć co chcesz osiągnąć. Tutaj na wszelki wypadek świetna dokumentacja w języku polskim http://git-scm.com/book/pl/v1/Pierwsze-kroki
W razie dalszych pytań po lekturze zadaj konkretne pytanie, a o ile będę znał odpowiedź to chętnie się nią podzielę 
edit.
cp plik_do_skopiowania miejce_docelowe
albo
cp -R katalog_do_skopiowania miejsce_docelowe