To teraz ja coś powiem.
Nie do końca rozumiem ten tekst:
To jak coś mamy zapisane w pliku to już tej pewności nie mamy?
Otóż, jeśli mamy sajt na którym raczej rzadko coś zmieniamy w treści, to zapisywanie danych w bazie (nie ważnej jakiej) jest jak strzelanie do muchy z armaty. Po co męczyć serwer niepotrzebnymi zapytaniami…
Inna sprawa, że bazy danych to naprawdę rzecz niezwykle wygodna.
Teraz załóżmy, że mamy sajt, gdzie jednak często się dane zmieniają a do tego “napór” odwiedzających jest całkiem spory. Tutaj zaczynają się problemy z dostępem do plików, czyli ktoś do niego zapisuje, ktoś usiłuje czytać itd… itp… więc jesteśmy narażeni na “gubienie” kluczy… generalnie problemy ze spójnością. Tutaj kwestia wyższości bazy danych nad systemem plików jest bezsporna.
Załóżmy kolejną sytuację. Mamy już dane w bazie, ale strona nam się całkiem sporo rozrosła a użytkowników jest już naprawdę dużo.
Wywołań do bazy mamy całe mnóstwo, serwer poci się niepotrzebnie…
Tutaj najlepiej znowu skorzystać z plików 
Tylko nie w klasyczny sposób, ale co jakiś czas cachować sobie zapytania do bazy i w plikach trzymać tylko ich wyniki. Co to daje?
Na przykładzie dobrychprogramów, zauważ sobie, że są tam “listy”: najnowsze programy, najnowsze newsy, top 20 itd… itp… Przy dużej ilości użytkowników, przy każdym wywołaniu sajtu musisz generować te listy, a tak, to zapisujesz sobie co jakiś czas wyniki takich zapytań do zwykłych plików tekstowych, może to być czysty wynikowy HTML, zserializowana tablica, czy jak tam sobie wymyślisz.
Tak więc to czy dane trzymasz w pliku tekstowym, czy w bazie danych, zależy od realnych potrzeb a nie od tego “bo tak jest lepiej”.
P.S. A MySql gdzie trzyma dane? Czyżby w plikach? (wiem, że nie są to zwykłe pliki txt, mają inną strukturę, ale jednak… )