Być może powodem jest zły nagłówek typu dokumentu (brak identyfikatora DTD).
http://pl.wikipedia.org/wiki/Quirks_mode
Bez DTD (przy Transitional) IE przełącza się w tryb wstecznej zgodności (quirks mode).
Tak gwoli ścisłości, to w HTML (4.01) używa się znacznika
a w XHTML znacznik ma postać
Analogicznie tylko w XHTML trzeba użyć sekcję CDATA do odseparowania kodu w JavaScripcie (lub innym) - ale tylko wtedy, gdy w kodzie mogą wystąpić niedozwolone znaki (np. < czy >) - w HTML nie trzeba tego robić.
Wiele osób z małym doświadczeniem myli te dwa standardy i koduje w postaci “wymieszanej” robiąc dodatkowe zamieszanie/bałagan. 
EDIT:
Dzięki. Ja nawet nie sprawdzałem, jak się zachowuje kod HTML w przeglądarce (IE). Nie szukałem też błędów w kodzie - zakładając, że takie rzeczy nie powinny sprawiać problemu użytkownikowi. Zawsze kolegom, jak mają problemy z IE, mówię, by zadbali o właściwy nagłówek strony - często jest on zaniedbywany co powoduje różne problemy (głównie z CSS).
A co do różnego rodzaju znaczników dla HTML i XHTML, to swego czasu ja też miałem mętlik w głowie i dopiero jak dokładnie poczytałem o tych dwóch standardach, to mi się przejaśniło w głowie. 
Pozdrawiam
Bardzo dziękuje za pomoc:) Wszystko działa tak jak powinno:)