Jeżeli już zdemuxujesz (oddzielisz audio od video i ewentualnie strumień napisów jeżeli tam będzie) plik *.mkv to otrzymany strumień audio poddasz obróbce w jakimś edytorze dźwięku np. Audacity (zależy to od formatu ścieżki dźwiękowej). Opisik jak wyciąć fragment z pliku audio w Audacity znajdziesz w tym temacie.
P.S. Nie wiem w jakim formacie będzie dźwięk z pliku *.mkv więc może zajść konieczność przekonwertowania go najpierw na *.wav w celu dokonania dalszej obróbki.
Czy plik odtwarza się normalnie na kompie (WMP, Winamp, itp.)?
Audacity powinien obsłużyć ten format bez problemu. Dlaczego tak nie jest nie wiem. Dodaję, że do tego aby wyeksportować z Audacity dźwięk jako plik mp3 niezbędny jest encoder LAME (jest to opisane w linku, który Ci podałem).
Ewentualnie spróbuj wyciąć fragment mp3 za pomocą mp3DirectCut. Opisik jak tego dokonać jest częścią tego artykułu.