Jak włączasz Thunderbirda po instalacji to otwiera ci się karta z konfiguracją. Wystarczy, że klikniesz na przełączenie do trybu klasycznego, czyli foldery będą wyświetlane tak, jak w Thumderbirdzie 2
Niestety, to chyba jakiś bug. U mnie pomogła KOMPLETNA dezinstalacja Thunderbirda. Choć nie ma tego złego, co by na dobre nie wyszło. Po reinstalacji i ponownej konfiguracji, zorientowałem się, że TB świetnie współpracuje z protokołem IMAP. Gdyby nie to, to pewnie dalej bym siedział na nieszczęsnym POP3.