Bardzo częstym zagadnieniem poruszanym w temacie Thunderbirda jest kwestia ochrony naszych maili przed niepowołanymi osobami w przypadku gdy nie jesteśmy jedynymi użytkownikami komputera. Pojawiająca się na ogół na forach porada aby ustalić i włączyć hasło główne nie jest sama w sobie nawet połowicznym rozwiązaniem problemu, gdyż chroni ona jedynie dostęp do zapamiętanych haseł, natomiast nie ma żadnego wpływu na możliwość czytania naszych wiadomości przez osoby trzecie (po uruchomieniu Thunderbirda wystarczy tylko trzykrotnie anulować prośbę o podanie hasła głównego i już program przed każdym chętnym stoi otworem).