Chwilę mi to zajęło, ale chyba znalazłem rozwiązanie. Po kolei:
-> użytkownik aktywuje link do pliku
-> mod_rewrite sprawdza typ żądania i jeśli jest podstawowy to przekierowuje go na skrypt zliczający pobrania
-> skrypt zlicza aktywację linku i wysyła dowolną zmienną metodą POST przez curl na adres pliku
-> mod_rewrite sprawdza, jaka jest metoda żądania i jeśli jest to POST, to przekierowuje na pobierany plik
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} ^POST$
RewriteRule ^plik.txt$ plik.txt [L]
RewriteRule ^plik.txt$ zlicz.php [L]
Jeszcze można byłoby sprawdzić, czy żądanie POST przychodzi z Twojego serwera.
Z moich skromnych testów wynika, że to działa 
.
