Na przyszłość pokaż zawartość source.list. Jeśli zdublowane masz tylko deb, to usuwasz tylko to, jeśli deb i deb-src, to oba. Tak naprawdę, jeśli nie zamierzasz niczego instalować ze źródeł (własnoręcznie kompilować), to po usunięciu wpisów deb-src nic się nie stanie.