Witam
Kliknij prawym i Remove (wyskoczy komunikat czy chcesz usunąć tylko wirtualna maszynę czy też wszystkie pliki).
Robiłem to niejednokrotnie 
jakby to pomogło to przecież nie zakładał bym tematu, zawsze sam próbuje rozwiązać problem, potem polskie google, potem ang, a później forum
jak zrobie remove to wyskakuje to
wciskam remove i dalej nic się nie dzieje…
VirtualBox musi być wyłączony.
Odszukaj plik VirtualBox.xml (lokalizacja zależy od systemu operacyjnego) i w sekcji usuń wpisy (całe linijki) nieistniejących maszyn (notatnik systemowy nie najlepiej sobie radzi z otwieraniem tego pliku).
Wydaje mi się, że pod Windowsem powinno być tak samo, pod Linuksem wystarczy usunąć foldery z katalogu VirtualBox VMs i maszyny się usuwają i nie ma potrzeby edycji pliku konfiguracyjnego VirtualBoksa. W Windowsie ten folder jest, z tego co pamiętam, w folderze Dokumenty.
W pliku VirtualBox.xml (na Windows’ie) jest zapisana lista maszyn którą program wyświetla, mimo braku folderów z VMs (jak w przypadku założyciela tematu) maszyny nadal są wyświetlane w głównym oknie programu.