Kompilator nie zmienia Ci kodu na inny, tylko uruchamiana jest starsza wersja - prawdopodobnie masz błędy kompilacji i ustawiłeś sobie, by włączała się ostatnia działająca wersja. Zobacz “Error list” i ewentualnie odznacz odpowiednią pozycję w ustawieniach(Project and Solutions->Build and Run w VS 2012).
Jeśli wybrałeś, by uruchamiała się ostatnia dobra kompilacja, to Visual Studio nie podświetli okna z listą błędów, tylko najzwyczajniej w świecie uruchomi ostatnią wersję. Wyczyść solucję(PPM na solucji -> Clean Solution) i spróbuj jeszcze raz. Jeśli na pewno nie ma błędów, to prawdopodobnie masz problem z innymi ustawieniami albo masz wadliwą instalację VS. Wtedy reinstalacja byłaby wskazana(najlepiej do wersji 2012, bo 2008 to już lekki staroć).
Jeszcze może być tak, że masz wyłączoną automatyczną kompilację przy uruchamianiu, gdy plik wykonywalny jest nieaktualny(w VS 2012 da się to zmienić w ustawieniach IDE -> Projects and Solutions -> Build and Run).