W Ubuntu jak mam jakiś program lub grę, którą tylko trzeba rozpakować i uruchomić plik .bin to trzymać to w /home czy jakaś inna lokalizacja jest lepsza ?
Nie ma lepszej i gorszej, ale ogólnie jeśli nie chcesz w /home gdzie powinny być tylko dane użytkownika to najlepszym miejscem jest /opt (nie wiem czy ubuntu ma ten katalog, ale zawsze można go stworzyć).
Ubuntu ma katalog /opt - jakiś związek z Linuksem to distro posiada 
Jak chcesz mieć porządek, to możesz trzymać w katalogu /usr/local, bądź /opt, który jest przeznaczony właśnie na aplikacje spoza repozytorium. Jeśli wolisz wygodę, możesz trzymać w /home, np. w ukrytym katalogu, niektóre aplikacje, jak np. Firefox wymagają uprawnień roota do aktualizacji, jeśli jest on w którymś z podkatalogów /, więc wygodnie trzymać taką aplikację w /home (zresztą w Windows też Firefox, Chrome itp. instalują się w katalogu użytkownika), oczywiście mam tu na myśli Firefoksa pobranego z serwerów Mozilli, a nie zainstalowanego z repozytorium.
Jeśli chcesz programy trzymać w: /home, to utwórz sobie w nim dodatkowy katalog np.: Programy i dopiero tu umieszczaj katalogi programów i ew. ikony.
Łatwiej jest wtedy utrzymać porządek.
Ale jeśli masz więcej użytkowników na komputerze, to morze nie być najlepszym pomysłem by na każdym kącie umiejscawiać katalogi tego samego programu.
Odnośnie samego Firefoksa, to trzymam go w: /opt
Mimo że Linux jest bezpieczny jednak wolę żeby jakiś pierwszy lepszy testowany przeze mnie program uruchomiony z uprawnieniami zwykłego użytkownika nie mógł zmieniać zawartości programu którego używam na stronach gdzie bezpieczeństwo danych jest priorytetem.