Jak uruchamiam system za każdym razem pokazuje się sprawdzanie spójności partycji. (Odlicza 10sek.)
Zazwyczaj pomijam to, ale nawet jak poczekam do końca przy następnym uruchomieniu kompa znów to się pojawia. Rozumiem jakbym zamykał niepoprawnie system, ale zawsze zamykam go normalnie.
Ile masz partycji i i jaki one mają system plików?
Przeprowadzałeś defragmentację?
kilka 2NTFS, SWAP, 2xEXT3 (Ale zawsze sprawdza partycje D:, czyli NTFS 53GB, wolnego 15GB)
wg mnie strata czasu - nie
Widocznie jednak coś miesza. Proponuję uruchomić konsolę administracyjną dostępną z poziomu płyty instalacyjnej. Postępuj tak jakbyś instalował system od nowa, czyli uruchom komputer z włożoną płytką instalacyjną do napędu i uruchom instalator systemu Windows. Następnie po zgłoszeniu się menu instalatora wybierz opcję naprawy, zaloguj się do systemu i wydaj komendę:
chkdsk /R
OK, zrobie to, jeszcze małe pytaanko co to polecenie robi, bo warto wiedzieć co się robi 
Wiesz co sprawdź lepiej “harmonogram zadań” bo coś mi się zdaje, że ,masz scandisk ustawiony aby wykonywał test podczas każdego startu systemu 
Ups sorki w Xp skandiska nie ma tylko jest chdisk :oops:
Menu start/uruchom/cmd
chkdsk /?
i wszystko jasne
W wierszu poleceń wpisz fsutil dirty query D:
następnie
Wpisz w wierszu poleceń chkdsk D: /f
Po uruchomieniu polecenia może się pojawić: " Program CHKDSK nie może działać, ponieważ wolumin jest używany przez inny proces.Można uruchomić program CHKDSK po uprzedniej dezinstalacji woluminu.Czy chcesz wymusić dezinstalacje tego woluminu?(T/N) wpisz T