Jest możliwość zablokowania ikon na pulpicie? Po restarcie systemu ikony zmieniają kolejność? 
Witam.
Spróbuj edytować położenie ikon w pliku:
~/.config/pcmanfm/default/desktop-items-0.conf
======
Domyślam się, że u Ciebie też opcja z prawokliku na ikonie “Zablokuj położenie” nie zawsze działa poprawnie ; ]
Nie widzę takiej opcji w ogóle.