Czy jest taka opcja w tym programie, żeby kolorem zaznaczyc jakiś fragment tekstu? Chodzi mi o zakreślenie tak jak np na kartce flamastrem 
Taka opcja jest a Adobe Readerze.
Jednak, czy będziesz mógł z nie skorzystać, to zależy nie od czytnika, tylko od twórcy pliku PDF.
Format PDF daje możliwość ochrony praw autorskich poprzez możliwość blokowania określonych czynności (Zaznaczanie, kopiowanie, drukowanie…).
Jeśli autor zablokował możliwość zaznaczania, czy kopiowania, to nie wykonasz tej czynności.
Pozostaje Ci wówczas np. komercyjna wersjia ABBY Fine Reader Pro, którym zamieniz PDF na inny format poprzez mechanizm OCR, a nawet na nowy plik PDF już bez zabezpieczeń.