Hej.
Na początek dwa screeny.
Jak widać umieściłem skrót do ukrytych elementów na pasku. Używając ciemnego motywu nazwa tego skrótu na aktywnym oknie jest niewidoczna. Na nieaktywnym - słabo widoczna.
Czy można zmienić kolor tekstu tego skrótu lub w ogóle wywalić napis i zostawić tylko checkbox?
O ile dobrze kojarzę kolory zapisane są w rejestrach HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Colors
wartość RGB, nawet w Paint można sobie podejrzeć jaką wartość ma dany kolorek.
Tylko zrób sobie kopie rejestru zanim zaczniesz tam dłubać. 
Zanim wszystko popsuję - może jakaś wskazówka która pozycja z tego klucza odpowiada za kolor tekstu skrótów? 
Zwykle jak coś chciałem zmienić, to pomagałem sobie Classic Color Panel link, bo szybciej było. Program robi to samo co ręcznie w rejestrach i pozwala zapisać sobie kopie na starcie, więc nie popsujesz. Widzisz też kolory. Nie wiem który klucz odpowiada dokładnie za ten kolor skrótu, a nie chce mi się sprawdzać. W programie możesz sobie ustawić dla ciemnego profili jasnego itp. Wszystko jest w menu.
Programik bardzo fajny i pewnie do czegoś się przyda. Niestety żadna z opcji nie zmienia koloru nazwy skrótu.
Może zatem uda się zmienić kolor tła trochę, by tekst był widoczny.
Za tło odpowiada po prostu kolor wiodący, więc zmiana odcienia jest możliwa bez problemu.